Fakultas Adab dan Humaniora
terdiri dari 4 Program Studi yaitu Prodi Sastra Indonesia, Sastra Inggris, Sejarah Peradaban Islam, serta Bahasa dan Sastra Arab. Bendera Fakultas Adab dan Humaniora berwarna kuning, melambangkan kemuliaan dan komunikasi Universitas.
Fakultas Dakwah dan Komunikasi
terdiri dari 5 Program Studi yaitu Prodi Ilmu Komunikasi, Komunikasi dan Penyiaran Islam, Bimbingan dan Konseling Islam, Pengembangan Masyarakat Islam, serta Manajemen Dakwah. Bendera Fakultas Dakwah dan Komunikasi berwarna coklat muda, melambangkan ajakan kepada kebenaran;
Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam
terdiri dari 5 Program Studi yaitu Prodi Ekonomi Syariah, Ilmu Ekonomi, Manajemen, Akuntansi, serta Manajemen Zakat Wakaf. Bendera Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam berwarna ungu tua, melambangkan kekayaan, kebijaksanaan dan martabat;
Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik
terdiri dari 3 Program Studi yaitu Prodi Hubungan Internasional, Sosiologi, dan Ilmu Politik. Bendera Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik berwarna kuning keemasan, melambangkan semangat menuju kejayaan peradaban.
Pascasarjana
Bendera Pascasarjana berwarna merah hati melambangkan semangat pengembangan ilmu dan kematangan intelektual.
Fakultas Psikologi
terdiri dari Program Studi Psikologi. Bendera Fakultas Psikologi dan Kesehatan berwarna putih, melambangkan semangat kesehatan jiwa dan ketahanan raga.
Fakultas Sains dan Teknologi
terdiri dari 6 Program Studi yaitu Prodi Sistem Informasi, Arsitek, Teknik Lingkungan, Biologi, Matematika dan Ilmu Kelautan. Bendera Fakultas Sains dan Teknologi berwarna oranye, melambangkan inovasi, ketekunan dan kecermatan.
Fakultas Syariah dan Hukum
terdiri dari 6 Program Studi yaitu Prodi Hukum Tata Negara, Hukum Pidana Islam, Ilmu Falak, Hukum Ekonomi Syariah, Hukum Keluarga Islam, dan Perbandingan Madzhab. Bendera Fakultas Syariah dan Hukum berwarna hitam, melambangkan keteguhan iman dan amal kebajikan;
Fakultas Tarbiyah dan Keguruan
terdiri dari 8 Program Studi yaitu Prodi Pendidikan Matematika, Pendidikan Bahasa Inggris, Pendidikan Bahasa Arab, Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah, Manajemen Pendidikan Islam, Pendidikan Agama Islam, Pendidikan Anak Usia Dini, serta Pendidikan IPA. Bendera Fakultas Tarbiyah dan Keguruan berwarna hijau muda, melambangkan harapan masa depan.
Fakultas Ushuluddin dan Filsafat
terdiri dari 5 Program Studi yaitu Prodi Ilmu Hadis, Filsafat Politik Islam, Studi Agama-Agama, Ilmu Alquran dan Tafsir, serta Aqidah Filsafat Islam. Bendera Fakultas Ushuluddin dan Filsafat berwarna biru muda, melambangkan kejernihan jiwa.
